Réseau d'imagerie de Strasbourg Grand Est - RISEst - Faculté de pharmacie - Université de Strasbourg https://pharmacie.unistra.fr fr Réseau d'imagerie de Strasbourg Grand Est - RISEst - Faculté de pharmacie - Université de Strasbourg Wed, 21 Feb 2024 22:02:17 +0100 Wed, 21 Feb 2024 22:02:17 +0100 TYPO3 EXT:news news-6041 Fri, 15 Mar 2024 09:00:00 +0100 Machine Learning & Deep Learning /actualites/actualite/machine-learning-deep-learning Pour les personnels des plateformes et utilisateurs très avancés. Le programme est en cours d'élaboration. Session # 1 machine learning (classification pixels et objets)

Vendredi 15 Mars 2024

Session #2  les outils deep learning clés en mains (Stardist, cellpose, etc.)

Vendredi 22 Mars 2024

Session #3 annoter-entraîner un réseau DL. Contrôle qualité

Vendredi 5 Avril 2024

Session #4 avancée sur les jeux de données des participants (DeepMIB, Cellpose, Stardist) et échanges avec des utilisateurs locaux des outils DL

Vendredi 12 Avril 2024

 

-> Plus d'infos à venir prochainement.

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Agenda du RISEst
news-6040 Thu, 29 Feb 2024 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej-2 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants.

Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

 

The RISEst (https://www.risest.fr/) and Alsace FBI Node (https://france-bioimaging.org/) microscopy core facilities are organising several workshops on "Introduction to bio-image processing and analysis with Fiji/ImageJ" the 2nd & 3rd November (in English) open to all (ITA, PhD, CR, DR, etc.) and free of charge.

 

Overview of the Course's Programme:

               - Introduction to the digital image properties

               - Overview of Fiji/ImageJ

               - Images/Files Input/Output

               - Image Properties (resolution, 3D, 4D, time, channels, etc.)

               - Stack manipulations

               - Image Enhancements & processings

               - Selections and Regions of Interest

               - Image Segmentation (thresholding, machine learning, deep learning)

               - Measurements

               - Batch processing with the ImageJ Macro scripting language

               - Overview of Plugins

  

Prerequisites: know how to use a computer

Location: computer room B100, Pharmacy Faculty, Illkirch

Sessions: the workshop will take place over 2 days

Fees: free

Registration : open in 2024

The RISEst/Alsace Node Team

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Agenda du RISEst
news-6039 Thu, 02 Nov 2023 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej-1 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants.

Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

 

The RISEst (https://www.risest.fr/) and Alsace FBI Node (https://france-bioimaging.org/) microscopy core facilities are organising several workshops on "Introduction to bio-image processing and analysis with Fiji/ImageJ" the 2nd & 3rd November (in English) open to all (ITA, PhD, CR, DR, etc.) and free of charge.

 

Overview of the Course's Programme:

               - Introduction to the digital image properties

               - Overview of Fiji/ImageJ

               - Images/Files Input/Output

               - Image Properties (resolution, 3D, 4D, time, channels, etc.)

               - Stack manipulations

               - Image Enhancements & processings

               - Selections and Regions of Interest

               - Image Segmentation (thresholding, machine learning, deep learning)

               - Measurements

               - Batch processing with the ImageJ Macro scripting language

               - Overview of Plugins

  

Prerequisites: know how to use a computer

Location: computer room B100, Pharmacy Faculty, Illkirch

Sessions: the workshop will take place over 2 days

Fees: free

The RISEst/Alsace Node Team

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Agenda du RISEst
news-5789 Fri, 07 Jul 2023 09:00:00 +0200 Réunion des plateformes CoRtecS /actualites/actualite/reunion-des-plateformes-cortecs Première édition de la réunion des plateformes CoRTecS Le réseau des plateformes scientifiques de recherche et de services de l'université de Strasbourg se réunira le 7 juillet 2023 au Palais universitaire.

https://cortecs.unistra.fr/

Programme

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Agenda du RISEst
news-5557 Wed, 28 Jun 2023 14:00:00 +0200 Rencontre des partenaires du nœud Alsace le 28 juin à l'IGBMC /actualites/actualite/rencontre-des-partenaires-du-noeud-alsace-le-28-juin-a-ligbmc Rencontre des partenaires du nœud Alsace le 28 juin à 14h

IGBMC - CNRS UMR 7104 - Inserm U 1258
1 rue Laurent Fries  BP 10142 67404 Illkirch Cedex

Programme Description Intervenant Durée
14:00 Introduction du nœud Alsace Yves Mély 5 mins
14:05 Equipe R&D #1   10 mins
14:15 Equipe R&D #2   10 mins
14:25 Equipe R&D #3   10 mins
14:35 Equipe R&D #4   10 mins
14:45 Equipe R&D #5   10 mins
14:55 Equipe R&D #6   10 mins
15:05 Les plateformes: Strasbourg Centre   10 mins
15:15 Les plateformes: Illkirch   10 mins
15:25 Les plateformes: Mulhouse   10 mins
15:35 PAUSE   10 mins
5:45 Présentation des actions en cours de France-BioImaging et de leurs impacts pour les membres du nœud Alsace: équipements, projet R&D, ateliers   30 mins
16:15 Table ronde stratégie de développement du nœud Alsace   45 mins
17:00 Clôture Yves Mély  

 

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Agenda du RISEst
news-5408 Wed, 31 May 2023 09:00:00 +0200 Mini-symposium "Super-resolution and advanced microscopy applied to neurosciences". /actualites/actualite/mini-symposium-super-resolution-and-advanced-microscopy-applied-to-neurosciences Pierre Tillole, Marianne Lemée and Manon Boivin organize a mini-symposium on "Super-resolution and advanced microscopy applied to neurosciences" at IGBMC This symposium will take place at the auditorium (of IGBMC) the wednesday 31th of May from 9 am to noon

Program
Abstracts

 

After the presentations, we will organize a lunch with pizzas with the speakers and the different members of the TMN department.

 

 

Inscription pour les externes: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdtqI5bdpa0fH45WJns2WmkX3zVysWDYoBMOGcN9l8VoKIoow/viewform

 

 

 

 

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Agenda du RISEst
news-5090 Mon, 22 May 2023 09:00:00 +0200 Formation : Microscopie confocale https://sfc.unistra.fr/formations/sciences-biologiques_-_microscopie-imagerie_-_microscopie-confocale_-_3423/ Formation continue de l'université de Strasbourg texte

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Agenda du RISEst
news-5243 Thu, 13 Apr 2023 09:00:00 +0200 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants. Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

Cette formation sera donnée en anglais les Jeudi 13 et vendredi 14 Février 2023 (09:00 à 17:00) à la faculté de Pharmacie sur le campus d'Illkirch

Inscription: https://forms.gle/SwwK8UfBJgWKusLE9

Télécharger le plan d'accès

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Agenda du RISEst
news-5325 Wed, 12 Apr 2023 13:00:00 +0200 Presentation du logiciel d'analyse Zeiss Arivis (en réalité virutelle) /actualites/actualite/default-4d3ab6863f The IGBMC platform offers a presentation of the Zeiss Arivis image analysis software The IGBMC platform offers a presentation of the Zeiss Arivis image analysis software on April 12 at 1:30 p.m. in room 1031 CBI.
 
https://seafile.igbmc.fr/f/735cee8a4c3945129b10/
 
Following this presentation, come and test Virtual Reality and enter the heart of your sample, as well as the latest advances in machine learning and deep learning on your 3d data.

 

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Agenda du RISEst
news-4296 Tue, 11 Apr 2023 09:00:00 +0200 Démo Lattice Lightsheet /actualites/actualite/demo-lattice-lightsheet Démonstration du microscope à feuille de lumière ZEISS Lattice Lightsheet 7 Une démonstration du microscope à feuille de lumière ZEISS Lattice Lightsheet 7 aura lieu du 11 au 14 Avril à l'IGBMC (Illkirch)

Voici le tableau a remplir pour venir tester le système : (https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MIqpu4kENTPpoJoFW8lTTdZ5aqp7NhnhZgaeW7j5j8c/edit?usp=sharing).
S'il y a trop de demandes pour la démo nous sélectionnerons les projets en fonction de la plus value technologique apportée par le Lattice Lightsheet.

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Agenda du RISEst
news-4293 Tue, 07 Mar 2023 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/actu-risest-1 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants. Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

Cette formation sera donnée en anglais les Mardi 7 et mercredi 8 Mars 2023 (09:00 à 17:00) à la faculté de Pharmacie sur le campus d'Illkirch

-> Inscriptions cloturées

Télécharger le plan d'accès

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Agenda du RISEst
news-5096 Tue, 10 Jan 2023 09:00:00 +0100 Formation : QuPath /actualites/actualite/default-1645bd1995 Formation pour les membres des plateformes RISEst Agenda du RISEst news-4295 Tue, 13 Dec 2022 09:00:00 +0100 RISEst Openning Meeting /actualites/actualite/evenement-risest-1 Congrès d'ouverture du RISEst Congrès d'ouverture du RISEst, le 13 Décembre 2021 à Illirch-Graffenstaden (IGBMC)

Informations et incscription en ligne

Programme

 

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