Réseau d'imagerie de Strasbourg Grand Est - RISEst - Faculté de pharmacie - Université de Strasbourg https://pharmacie.unistra.fr fr Réseau d'imagerie de Strasbourg Grand Est - RISEst - Faculté de pharmacie - Université de Strasbourg Sat, 27 Jul 2024 16:53:33 +0200 Sat, 27 Jul 2024 16:53:33 +0200 TYPO3 EXT:news news-7276 Tue, 11 Jun 2024 09:00:00 +0200 Meeting of FBI Alsace Node /actualites/actualite/default-c9b9614d77 1st Meeting of FBI Alsace Node Nous aurons le plaisir de vous accueillir à l'IGBMC le 11 juin pour la réunion annuelle du nœud Alsace France-BioImaging.

Programme provisoire

Le lien pour s'inscrire pour le vendredi 31 mai au plus tard: https://forms.gle/xL8sNCefijE78YDH8

Vous avez aussi la possibilité de présenter un flash talk de 5 minutes sur une thématique de votre choix (microscopie, analyse d'images, préparation d'échantillon) ou d'identifier un de vos utilisateurs pour présenter ses travaux. N'hésitez pas à distribuer cette annonce aux utilisateurs de votre plateforme. Les présentations scientifiques se feront en anglais pour s'assurer que nos collègues non francophones puissent se joindre à nous.

*** ENGLISH VERSION ***

We look forward to welcoming you to the IGBMC on June 11 for the annual meeting of the Alsace France-BioImaging node.

Provisional program

The link to register by Friday May 31 at the latest: https://forms.gle/xL8sNCefijE78YDH8 

You also have the opportunity to present a 5-minute flash talk on a topic of your choice (microscopy, image analysis, sample preparation) or to identify one of your users to present his/her work. Feel free to distribute this announcement to users of your platform. Scientific presentations will be in English to ensure that our non-French-speaking colleagues can join us.

]]> Actualités du RISEst Agenda du RISEst news-7286 Wed, 29 May 2024 10:00:00 +0200 Euro BioImaging /actualites/actualite/euro-bioimaging Le RISEst rejoint EuBI !

Nous avons le plaisir de vous annoncer que les plateformes du RISEst et les équipes de recherches et développement associées sont désormais membres du réseau Euro-Bioimaging!

Les membres du nœuds FBI  Alsace et ses utilisateurs externes, en rentrant dans l'infrastructure européenne, sont maintenant éligibles pour participer à toutes les activités et initiatives portées par l'infrastructure européenne viale nœud français. 

Cela concerne notamment:

  • l'accès utilisateurs externe (enregistrement sur le portail EuBI et soutien financier FBI à l'accès) puisque vos plateformes deviennent des plateformes EuBI
  • la participation aux activités de Formation (futurs AAP pour l'organisation de cours) et Job Shadowing (en cours) lancées dans le cadre du projet EVOLVE, 
  • la participation aux activités Data et Analyse d'image de EuBI, 
  • la participation au All Hands Meeting Annuel organisé par EuBI,
  • et le plus important: participation possible dans les projets européens dans lesquels EUBI s'engagera dans le futur, notamment pour les projets INFRASERV (access provider) et INFRATECH.
]]> Actualités du RISEst news-6041 Fri, 15 Mar 2024 09:00:00 +0100 Machine Learning & Deep Learning /actualites/actualite/machine-learning-deep-learning Pour les personnels des plateformes et utilisateurs très avancés. Session # 1 machine learning (classification pixels et objets)

Vendredi 15 Mars 2024

Session #2  les outils deep learning clés en mains (Stardist, cellpose, etc.)

Vendredi 22 Mars 2024

Session #3 annoter-entraîner un réseau DL. Contrôle qualité

Vendredi 5 Avril 2024

Session #4 avancée sur les jeux de données des participants (DeepMIB, Cellpose, Stardist) et échanges avec des utilisateurs locaux des outils DL

Vendredi 12 Avril 2024

 

-> Plus d'infos à venir prochainement.

]]> Actualités du RISEst news-6040 Wed, 06 Mar 2024 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej-2 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants.

Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

 

The RISEst (https://www.risest.fr/) and Alsace FBI Node (https://france-bioimaging.org/) microscopy core facilities are organising several workshops on "Introduction to bio-image processing and analysis with Fiji/ImageJ" the 2nd & 3rd November (in English) open to all (ITA, PhD, CR, DR, etc.) and free of charge.

 

Overview of the Course's Programme:

               - Introduction to the digital image properties

               - Overview of Fiji/ImageJ

               - Images/Files Input/Output

               - Image Properties (resolution, 3D, 4D, time, channels, etc.)

               - Stack manipulations

               - Image Enhancements & processings

               - Selections and Regions of Interest

               - Image Segmentation (thresholding, machine learning, deep learning)

               - Measurements

               - Batch processing with the ImageJ Macro scripting language

               - Overview of Plugins

  

Prerequisites: know how to use a computer

Location: computer room B100, Pharmacy Faculty, Illkirch

Sessions: the workshop will take place over 2 days, the first on will run from 6th to 7th of March 2024

Fees: free

Registration : open in 2024

The RISEst/Alsace Node Team

]]> Agenda du RISEst news-6282 Fri, 08 Dec 2023 09:00:00 +0100 Nouvelle labelisation Ibisa ! /actualites/actualite/labelisation Le PIC.SC a obtenu le label IBiSA La plateforme d'Imagerie cellulaire Strasbourg Centre PIC.SC a rejoint le réseau des Infrastructurese en Biologiue Santé et Agronomie.

https://www.ibisa.net/actualites/resultats-l-appel-d-offres-plateformes-ibisa-2023-27.html

 

 

]]> Actualités du RISEst news-6039 Thu, 02 Nov 2023 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej-1 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants.

Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

 

The RISEst (https://www.risest.fr/) and Alsace FBI Node (https://france-bioimaging.org/) microscopy core facilities are organising several workshops on "Introduction to bio-image processing and analysis with Fiji/ImageJ" the 2nd & 3rd November (in English) open to all (ITA, PhD, CR, DR, etc.) and free of charge.

 

Overview of the Course's Programme:

               - Introduction to the digital image properties

               - Overview of Fiji/ImageJ

               - Images/Files Input/Output

               - Image Properties (resolution, 3D, 4D, time, channels, etc.)

               - Stack manipulations

               - Image Enhancements & processings

               - Selections and Regions of Interest

               - Image Segmentation (thresholding, machine learning, deep learning)

               - Measurements

               - Batch processing with the ImageJ Macro scripting language

               - Overview of Plugins

  

Prerequisites: know how to use a computer

Location: computer room B100, Pharmacy Faculty, Illkirch

Sessions: the workshop will take place over 2 days

Fees: free

The RISEst/Alsace Node Team

]]> Agenda du RISEst news-5789 Fri, 07 Jul 2023 09:00:00 +0200 Réunion des plateformes CoRtecS /actualites/actualite/reunion-des-plateformes-cortecs Première édition de la réunion des plateformes CoRTecS Le réseau des plateformes scientifiques de recherche et de services de l'université de Strasbourg se réunira le 7 juillet 2023 au Palais universitaire.

https://cortecs.unistra.fr/

Programme

]]> Agenda du RISEst news-5557 Wed, 28 Jun 2023 14:00:00 +0200 Rencontre des partenaires du nœud Alsace le 28 juin à l'IGBMC /actualites/actualite/rencontre-des-partenaires-du-noeud-alsace-le-28-juin-a-ligbmc Rencontre des partenaires du nœud Alsace le 28 juin à 14h

IGBMC - CNRS UMR 7104 - Inserm U 1258
1 rue Laurent Fries  BP 10142 67404 Illkirch Cedex

Programme Description Intervenant Durée
14:00 Introduction du nœud Alsace Yves Mély 5 mins
14:05 Equipe R&D #1   10 mins
14:15 Equipe R&D #2   10 mins
14:25 Equipe R&D #3   10 mins
14:35 Equipe R&D #4   10 mins
14:45 Equipe R&D #5   10 mins
14:55 Equipe R&D #6   10 mins
15:05 Les plateformes: Strasbourg Centre   10 mins
15:15 Les plateformes: Illkirch   10 mins
15:25 Les plateformes: Mulhouse   10 mins
15:35 PAUSE   10 mins
5:45 Présentation des actions en cours de France-BioImaging et de leurs impacts pour les membres du nœud Alsace: équipements, projet R&D, ateliers   30 mins
16:15 Table ronde stratégie de développement du nœud Alsace   45 mins
17:00 Clôture Yves Mély  

 

]]> Agenda du RISEst news-5408 Wed, 31 May 2023 09:00:00 +0200 Mini-symposium "Super-resolution and advanced microscopy applied to neurosciences". /actualites/actualite/mini-symposium-super-resolution-and-advanced-microscopy-applied-to-neurosciences Pierre Tillole, Marianne Lemée and Manon Boivin organize a mini-symposium on "Super-resolution and advanced microscopy applied to neurosciences" at IGBMC This symposium will take place at the auditorium (of IGBMC) the wednesday 31th of May from 9 am to noon

Program
Abstracts

 

After the presentations, we will organize a lunch with pizzas with the speakers and the different members of the TMN department.

 

 

Inscription pour les externes: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdtqI5bdpa0fH45WJns2WmkX3zVysWDYoBMOGcN9l8VoKIoow/viewform

 

 

 

 

]]> Agenda du RISEst news-5090 Mon, 22 May 2023 09:00:00 +0200 Formation : Microscopie confocale https://sfc.unistra.fr/formations/sciences-biologiques_-_microscopie-imagerie_-_microscopie-confocale_-_3423/ Formation continue de l'université de Strasbourg texte

]]> Agenda du RISEst news-5243 Thu, 13 Apr 2023 09:00:00 +0200 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/formation-introduction-to-image-processing-and-analysis-with-fiji-imagej Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants. Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

Cette formation sera donnée en anglais les Jeudi 13 et vendredi 14 Février 2023 (09:00 à 17:00) à la faculté de Pharmacie sur le campus d'Illkirch

Inscription: https://forms.gle/SwwK8UfBJgWKusLE9

Télécharger le plan d'accès

]]> Agenda du RISEst news-5325 Wed, 12 Apr 2023 13:00:00 +0200 Presentation du logiciel d'analyse Zeiss Arivis (en réalité virutelle) /actualites/actualite/default-4d3ab6863f The IGBMC platform offers a presentation of the Zeiss Arivis image analysis software The IGBMC platform offers a presentation of the Zeiss Arivis image analysis software on April 12 at 1:30 p.m. in room 1031 CBI.
 
https://seafile.igbmc.fr/f/735cee8a4c3945129b10/
 
Following this presentation, come and test Virtual Reality and enter the heart of your sample, as well as the latest advances in machine learning and deep learning on your 3d data.

 

]]> Agenda du RISEst news-4296 Tue, 11 Apr 2023 09:00:00 +0200 Démo Lattice Lightsheet /actualites/actualite/demo-lattice-lightsheet Démonstration du microscope à feuille de lumière ZEISS Lattice Lightsheet 7 Une démonstration du microscope à feuille de lumière ZEISS Lattice Lightsheet 7 aura lieu du 11 au 14 Avril à l'IGBMC (Illkirch)

Voici le tableau a remplir pour venir tester le système : (https://docs.google.com/spreadsheets/d/1MIqpu4kENTPpoJoFW8lTTdZ5aqp7NhnhZgaeW7j5j8c/edit?usp=sharing).
S'il y a trop de demandes pour la démo nous sélectionnerons les projets en fonction de la plus value technologique apportée par le Lattice Lightsheet.

]]> Agenda du RISEst news-4293 Tue, 07 Mar 2023 09:00:00 +0100 Formation : Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ /actualites/actualite/actu-risest-1 Formation interne pour les utilisateurs des plateformes RISEst, un certificat reconnu par l'école doctorale peut être fournis aux étudiants. Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ

Cette formation sera donnée en anglais les Mardi 7 et mercredi 8 Mars 2023 (09:00 à 17:00) à la faculté de Pharmacie sur le campus d'Illkirch

-> Inscriptions cloturées

Télécharger le plan d'accès

]]> Agenda du RISEst news-5098 Thu, 23 Feb 2023 08:00:00 +0100 Création du noeud FBI-Alsace /actualites/actualite/creation-du-noeud-fbi-alsace Création du Nœud Alsace de France Bioimaging La candidature du Nœud Alsace a été sélectionnée pour faire partie de l’infrastucture nationale en microscopie, France Bioimaging. Ce nœud Alsace dirigé par Yves Mély (co-directeur Jacky Goetz) regroupe les six plateformes de microscopie du RISEst avec six équipes de recherche et développement.

Le Noeud Alsace possède une forte expertise dans le développement de sondes fluorescentes et de nanoparticules luminescentes innovantes et fournit des technologies et des méthodologies de pointe, avec, entre autres, la microscopie diffractive tomographique, la microscopie de particules uniques et la microscopiede fluorescence résolue en temps ou SharpViSu & ClusterViSu, des logiciels intégrés pour l'analyse d'images.

https://france-bioimaging.org/node/alsace/

 

 

 

]]> Actualités du RISEst news-5096 Tue, 10 Jan 2023 09:00:00 +0100 Formation : QuPath /actualites/actualite/default-1645bd1995 Formation pour les membres des plateformes RISEst Agenda du RISEst news-4297 Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 +0100 Liste des formations internes RISEst 2023 /actualites/actualite/liste-des-formations-internes-risest-2023 Formations pour les utilisateurs des plateformes du RISEst
  • Formation QuPath pour les membres des plateformes RISEst–
    Mardi 10 et Mercredi 11 Janvier
  • Introduction to image processing and analysis with Fiji/ImageJ
    Mardi 7 et mercredi 8 Mars 2023 (09:00 à 17:00)   (inscription à venir)
  • Introduction to image processing and analysis with machine learning et deep learning tools
    Jeudi 13 et vendredi 14 Avril 2023 (09:00 à 17:00)   (inscription à venir)
    • ]]>     Actualités du RISEst     news-4294 Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 +0100 Liste des formations de l'Université de Strasbourg 2023 /actualites/actualite/actu-risest-2 Les formations de l'Université de Strasbourg sont ouvertes à tous ( Personnels du secteur public, privé et étudiants) Les 5 formations suivantes constituent le Diplôme Universitaire de microscopie quantitative

    ]]>     Actualités du RISEst     news-4295 Tue, 13 Dec 2022 09:00:00 +0100 RISEst Openning Meeting /actualites/actualite/evenement-risest-1 Congrès d'ouverture du RISEst Congrès d'ouverture du RISEst, le 13 Décembre 2021 à Illirch-Graffenstaden (IGBMC)

    Informations et incscription en ligne

    Programme

     

    ]]>     Agenda du RISEst