Cette formation s’adresse aux ingénieurs et chercheurs ayant des notions de scripting et souhaitant acquérir ou consolider leurs compétences en Python et découvrir un environnement adapté à l’analyse d’images en biologie.
Les inscriptions seront évaluées par le comité d’organisation en fonction de la motivation des candidats et de la date de réception du formulaire. Une réponse vous sera envoyée à l’issue du processus de sélection.
La formation alternera notions fondamentales, démonstrations et mises en pratique, avec une progression allant de la prise en main de Python jusqu’à l’utilisation d’outils spécialisés pour l’analyse d’images.
Au programme :
- Bases de Python : types de données, listes, dictionnaires, fonctions et utilisation de bibliothèques, notamment os.
- Gestion de l’environnement de travail : découverte de Conda et de Miniforge. Manipulation et visualisation de données et d’images avec NumPy et Matplotlib.
- Analyse d’images biologiques : importation d’images, application de filtres, visualisation et premières approches de segmentation.
- Découverte et utilisation de bibliothèques dédiées à l’image scientifique, notamment scikit-image, bioio et napari.
- Introduction aux plugins napari, à travers des exemples concrets permettant de découvrir les possibilités d’extension et de personnalisation de l’outil.
L’objectif est de permettre aux participants de disposer, à l’issue de ces deux journées, des bases nécessaires pour comprendre, utiliser et modifier des scripts Python appliqués à leurs problématiques d’analyse d’images, ainsi que de mieux appréhender l’écosystème d’outils actuellement utilisés en imagerie biologique.
Organisateurs : Jérôme Mutterer, Sébastien Herbert et Erwan Grandgirard
Inscriptions : https://sondages.unistra.fr/index.php/724978?lang=fr
